负责组织起草全国疫病普查计划、动物流行病学调查业务发展规划、动物疫病流行病学调查年度方案及其实施方案，并组织、指导中心有关部门、各分中心、国家参考实验室、重点实验室和地方各级疫病预防控制机构共同实施。 组织动物疫病专项及紧急流行病学调查，承担常规流行病学调查、综合流行病学调查和指定流行病学调查工作，起草重大动物疫病流行病学调查总体报告。 承担重大动物疫病分析预警、流行规律和防控政策、措施和规划研究，提出疫情预测预警和防控政策建议。 承担外来动物疫病在我国的发生风险评估，组织起草全国性重大动物疫病国际无疫认证报告。 收集动物流行病学信息，健全和维护国家动物卫生与流行病学数据库。 开展动物流行病学理论、技术、方法和动物卫生经济学研究，组织开展技术培训和指导。 承担动物流行病学国际合作项目。 承担全国动物防疫专家委员会流行